Il problema del male è centrale nella riflessione di Schelling,del secondo periodo. Egli, ispirandosi a Jacob Böhme (1575–1624), ritiene si debba operare una distinzione fra Dio come natura (principio oscuro) e Dio come spirito (principio luminoso). Dio non è sistema, ma vita, ed il distacco della natura dallo spirito è il male di Dio. Il bene invece consiste nel recupero della natura nello spirito. Dunque per spiegare il male non ci è dato altro all’infuori dei due princípi in Dio. Dio come spirito (l’eterno legame di entrambi) è l’amore purissimo, ma nell’amore non può mai esserci una volontà del male, e cosí nemmeno nel principio ideale. Ma Dio stesso, per poter essere, abbisogna di un fondamento ( Grund ), se non che questo non è fuori di lui, ma in lui; e Dio ha in sé una natura, la quale, benché appartenga a lui stesso, è diversa da lui. Nell’intelletto divino vi è un sistema, ma Dio stesso non è un sistema, bensí una vita, ed è in ciò che risiede la risposta al
Debitori a Voltaire per la tolleranza, debitori a Lutero per il non conformismo.